La colonoscopia es un examen interno del colon (intestino grueso). Para su realización se utiliza un instrumento médico llamado colonoscopio. Este, es una pequeña cámara conectada a un tubo flexible. A diferencia de la sigmoidoscopia, que evalúa únicamente el tercio inferior del colon, la colonoscopia examina toda la longitud del colon.

La persona a la que se le realiza la prueba, debe acostarse sobre uno de sus lados con las rodillas levantadas hacia el pecho. Después de haber recibido un sedante o un analgésico, se inserta el colonoscopio a través del ano y se avanza suavemente hasta la parte más baja del intestino delgado. Se va insuflando aire para proporcionar una mejor vista. Se puede llegar a utilizar la succión para extraer las secreciones.

Si es necesario tomar muestras de tejido, estas se retirarán mediante unas pinzas pequeñas que se insertan a través del tubo. La limpieza completa del intestino, es obligatoria. Las instrucciones para hacerlo se le darán al paciente unos días antes. Se utilizarán enemas, y se recomendará la no ingesta de alimentos sólidos 2 ó 3 días antes de la prueba. Para evitar la deshidratación, deberá beber muchos líquidos. A menos que se indique lo contrario, se pueden continuar tomando los medicamentos habituales.

Las personas con alguna enfermedad en las válvulas cardíacas pueden recibir antibióticos antes y después de la prueba para prevenir la infección. Se recomienda a los pacientes que vayan acompañados de alguien que les lleve a su casa después de la prueba, ya que no es nada recomendable conducir después.